Казахская академия питания создана на основании приказа Министерства здравоохранения СССР от 6 декабря 1973 г. Данный приказ был основан на Постановлении Академии медицинских наук СССР (от 19 июля 1972 г.), обосновавшем необходимость создания в Казахстане научного учреждения, призванного изучать региональные проблемы питания. 21 декабря 1973 г. издан приказ Министерства здравоохранения Казахстана, с которого началась непосредственная работа по созданию научного учреждения по питанию в Казахстане

Первоначальный статус института был определен в качестве Казахского филиала Института питания Академии медицинских наук СССР, который начал функционировать с апреля 1974 г. До создания данного филиала проблемами питания занимался отдел питания и витаминологии НИИ краевой патологии МЗ КазССР. В 1988 г. в связи со значительным увеличением объема проводимых работ и расширением зоны деятельности (с охватом республик Средней Азии) Казахский филиал Института питания АМН СССР преобразован в Институт региональных проблем питания АМН СССР. В 1991 г. Институт региональных проблем питания преобразован в Научный центр региональных проблем питания АМН СССР. В 1993 г. после распада СССР данный Научный центр перешел под юрисдикцию Академии наук Казахстана, затем под юрисдикцию Министерства образования и науки РК, а с 31 августа 2000 г. действует как Казахская академия питания, которая объединяет три самостоятельных института: Институт питания, Институт международных проектов, Центр производственных проектов.

С 1979 г. Институт определен первым в мире международным центром по питанию, сотрудничающим с ВОЗ, (в настоящее время таких центров всего 21), с 1995 г. в числе 14 институтов мира является сотрудничающим центром по питанию Университета ООН, а с 1996 г. - ассоциированным членом "Международного союза науки о питании", которую представляют 68 стран.

Казахская академия питания - базовое учреждение ЮНИСЕФ для стран Центральной Азии, Республиканского совета по проблемам питания при Правительстве РК, Академии профилактической медицины Казахстана, Казахского фонда детского питания, Экспертного совета по биологически активным добавкам к пище Министерства здравоохранения РК. В настоящее время Казахская академия питания выполняет региональную роль в реализации актуальных проблем питания в Казахстане и республиках Центральной Азии.